การทำนายฤทธิ์ทางชีวภาพของสารที่ได้จากกล้วยไม้สกุล Bulbophyllum โดยใช้โปรแกรมคอมพิวเตอร์

Prediction of the biological activities from chemical constituents of Bulbophyllum genus using in silico screening

วัชรี วรัจฉรียกุล , พิมใจ สุวรรณวงค์ และ เดือนเต็ม ทองเผือก

คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี

งานวิจัย

2561

จากการรวบรวมข้อมูลทางวิชาการของกล้วยไม้สกุลสิงโตจำนวน 25 ฉบับซึ่งมีองค์ประกอบทางเคมีมากกว่า 128 ชนิด (สารกลุ่มฟีแนนทรีน ไบเบนซิล เบนนิล สายยาว ฟิวเรน และอื่น ๆ) ในงานวิจัยนี้โปรแกรมลิแกนด์สเก๊าท์, ซี, ฟารม์แมปเปอร์, พาสออนไลน์, เอนโดครานดิสรับโทม และสวิสทาร์เกตพีดิคชันถูกนำมาใช้ในการในการทำนายฤทธิ์ทางชีวภาพขององค์ประกอบทางเคมีทั้งหมด ตามแนวทางของการวิเคราะห์ในโปรแกรมคอมพิวเตอร์ วิธีการรวมความคล้ายคลึงกัน (SEA) เกี่ยวข้องกับเภสัชวิทยาของโปรตีนโดยอาศัยความคล้ายคลึงกันทางเคมีของลิแกนด์ ทำให้ทำนายเป้าหมายได้ 1035 เป้าหมาย เป้าหมายที่มีแนวโน้มเป็น 5 อันดับแรก คือ CQSS_VIBCH, O77823 ของหมู, PA24A ของวัว, ERN1 และ TBB1 ของมนุษย์ นอกจากนี้ 10 อันดับแรกของเป้าหมายที่โปรแกรมทำนาย คือ Q49PX0_9POXV, Q25270_LEIDO, Q3I4V7_CRYNV, TBB1, CP1B1, TBB3, CAH7, ABCG2 ของมนุษย์ TBB2B และ Q862F3 ของวัว ตามลำดับ การทดลองหลายครั้งของสารอินทรีย์ที่คาดว่าจะเป็นยา (Hits) ทำนายว่ามีฤทธิ์ทางชีวภาพ จากการเปรียบเทียบเป้าหมาย (Target) ของสารอินทรีย์เหล่านั้นพบว่าเป็นโปรตีน TBB1 ในมนุษย์ ข้อมูลข้างต้นทำให้เห็นว่าเป้าหมายระดับโมเลกุลคือสายเบต้าทูบูลิน (tubulin beta chain) ดังนั้นองค์ประกอบทางเคมีจากกล้วยไม้สกุลสิงโตน่าจะขัดขวางการแบ่งตัวของเซลล์ จึงทำให้เป็นสารต้านมะเร็งที่น่าสนใจ อย่างไรก็ตามควรทำการทดลองในห้องปฏิบัติการเพื่อยืนยันการคำนวณเหล่านี้

Compilation of the Bulbophyllum database of 25 publications, more than 128 chemical constituents (phenanthrenes, bibenzyl, benyl, long chain, furan and other compound classes) were collected. In this research, LigandScout, SEA, PharmMapper, PASS-Online, Endocrine disruptome and SwissTargetPrediction were performed for all compounds and within all in silico profiling platforms. Similarity ensemble approach (SEA) is relating protein pharmacology based on the set-wise chemical similarity of their ligands. In total, 1035 target were predicted. The top 5 promising target were CQSS_VIBCH, O77823_PIG, PA24A_BOVIN, ERN1_HUMAN and TBB1 _HUMAN. Top 10 of frequently predicted targets were Q49PX0_9POXV, TBB1_HUMAN, CP1B1_HUMAN, TBB3_HUMAN, TBB2B_BOVIN, Q25270_LEIDO, CAH7_HUMAN, Q3I4V7_CRYNV, ABCG2_HUMAN, and Q862F3_BOVIN, respectively. Hits predicted very often and with high confidentiality will be considered for biological evaluation of the extract. A comparison of the predicted target yields TBB1_HUMAN as common protein. This points towards the tubulin beta chain as a molecular target. Thereby, the compounds may block cell division and be therefore interesting anticancer compounds. Subsequent, experimental work has to confirm these calculations.

การทำนายฤทธิ์ทางชีวภาพ, การคัดสรรโดยใช้โปรแกรมคอมพิวเตอร์, กล้วยไม้สกุลสิงโต, กล้วยไม้

Prediction of biological activity, in silico screening, Bulbophyllum, Orchid

แก้ไขล่าสุด 2021-05-11 16:28:39

หน้าปก
บทคัดย่อ
กิตติกรรมประกาศ
สารบัญ
บทที่ 1
บทที่ 2
บทที่ 3
บทที่ 4
บทที่ 5
บรรณานุกรม
ภาคผนวก
ผู้วิจัย