ดีเอ็นเอบาร์โค้ด เพื่อการจำแนกชนิดปลาในแม่น้ำจันทบุรี จังหวัดจันทบุรี

DNA Barcoding for Identification of Fish Species from Chanthaburi River, Chanthaburi Province

วิรังรอง กรินท์ธัญญกิจ และ ชุตาภา คุณสุข

คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี

งานวิจัย

2561

การวิจัยนี้ทำการศึกษารูปแบบลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนไซโตโครม ออกซิเดส วัน (COI) เพื่อใช้เป็นดีเอ็นเอบาร์โค้ด ในการจำแนกชนิดปลาในแม่น้ำจันทบุรี จังหวัดจันทบุรี จากตัวอย่างปลาจำนวนทั้งสิ้น 26 ชนิด พบว่าสามารถเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอในส่วนของยีน COI โดยเทคนิค PCR และได้ข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์จำนวน 15 ชนิด โดยมีความยาวของลำดับนิวคลีโอไทด์อยู่ในช่วง 643-790 คู่เบส เมื่อเปรียบเทียบลำดับนิวคลีโอไทด์ของปลาทั้ง 15 ตัวอย่าง กับฐานข้อมูลพันธุกรรม GenBank และ BOLD พบว่าทุกตัวอย่างมีค่าความคล้ายคลึงทางพันธุกรรมสูงถึง 98-100% โดยมี 14 ตัวอย่าง ที่ให้ผลสอดคล้องกันทั้ง 2 ฐานข้อมูล ส่วนอีก 1 ตัวอย่าง คือ ปลาเข็มหม้อให้ผลไม่สอดคล้องกัน โดยระบุชนิดเป็น Dermogenys siamensis และ D. pusilla ในฐานข้อมูล GenBank และ BOLDaโดยมีค่าความคล้ายคลึงทางพันธุกรรมเท่ากับ a99%aและa98%aตามลำดับทั้งนี้เป็นเพราะว่าลำดับ นิวคลีโอไทด์ของยีน COI สำหรับ D. siamensis ยังไม่มีรายงานในฐานข้อมูล BOLD ซึ่งข้อมูลที่ได้จากการศึกษาครั้งนี้ ได้รวบรวมไว้เป็นฐานข้อมูลดีเอ็นเอบาร์โค้ดของปลาในจังหวัดจันทบุรีต่อไป

This study aimed to determine the pattern of Cytochrome oxidase I (COI) sequences for using as DNA barcode to identify fish species from Chanthaburi River, Chanthaburi Province. From a total of 26 collected species, 15 species were successfully PCR amplified and sequenced. The COI sequences of these species ranged from 643 to 790 base pairs. Then, the identity of these sequences was determined by comparing with GenBank and BOLD genetic database. The results found that all species had the high genetic similarity (98-100%) in both databases and the corresponding result for both databases was found for 14 fish species. The similarity search was provided that there was only one species (Dermogenys siamensis) not reported in BOLD database.aThe results from this study were collected in database containing DNA barcodes for all fish in Chanthaburi Province.

ดีเอ็นเอบาร์โค้ด, ยีนไซโตโครม ออกซิเดส วัน, การจำแนกชนิดปลา, แม่น้ำจันทบุรี

DNA barcoding, Cytochrome oxidase I gene, Fish species identification, Chanthaburi River

ณัฐฐานี ดีซื่อ แก้ไขล่าสุด 2020-09-30 16:16:13

หน้าปก
บทคัดย่อ
กิตติกรรมประกาศ
สารบัญ
บทที่ 1
บทที่ 2
บทที่ 3
บทที่ 4
บทที่ 5
บรรณานุกรม
ภาคผนวก